Ao executar o comando Capturar Série do ECF(F2) no Autenticador.exe não é exibido todos os 20 caracteres do número de série do ECF, conforme imagem abaixo.
Neste caso, sendo o Windows 7 64 bits o Misterchefnet versão 01.58, foi feito o seguinte:
Apagado as DLLs do ECF das pastas
C:\Windows\system\
C:\Windows\system32\
C:\Ms\Misterchefnet\
Copiadas as DLL's versão 6.1.2.7, 32 e 64, para a pasta C:\Windows\SysWOW64\.
Após Autenticado o sistema funcionou corretamente.